La Chiesa di Santo Tomé è la più visitata di tutta la città, poiché possiede il dipinto di El Greco “La sepoltura del Signore di Orgaz”· Uno dei capolavori pittorici di tutti i tempi, installato sulla sua tomba.
La chiesa fu costruita dopo la presa della città da parte di Alfonso VI. Più tardi occupò una moschea, venendo completamente ricostruita nel XIV secolo proprio dal Signore di Orgaz, Don Gonzalo Ruiz de Toledo. Tuttavia, alcuni capitelli visigoti fanno riferimento a una possibile chiesa precedente.
Sono tre navi con crociera, coperta da volte a botte in epoca rinascimentale e abside poligonale.
La sua torre mudéjar è molto simile a quella della chiesa di San Román: a pianta quadrata con due livelli di aperture incorniciate da doppi archi separati da una fila di archi ciechi separati (caso unico in città) da piccole colonne in ceramica di Talavera dela Reina.
